ระบบการจัดทำงบประมาณ (Budgeting systems) ระบบการจัดทำงบประมาณ อาจจะแตกต่างกันในแต่ละธุรกิจ แตกต่างกันไม่ว่าจะเป็นโครงสร้างองค์การ (Organizational structure) ความซับซ้อนในการดำเนินงาน (Comprexity of operations) รูปแบบธุรกิจ (Types of businesses ) เช่น ธุรกิจการผลิต ธุรกิจการให้บริการ งบประมาณขั้นพื้นฐาน สามารถนำไปประยุกต์ใช้ได้ในทุกองค์การและในธุรกิจในทุกรูปแบบ
การจัดทำงบประมาณสามารถทำได้หลายวิธี
1.งบประมาณต่อเนื่อง (Continuous budget) เป็นการจัดทำงบประมาณของปีการเงิน ซึ่งมีระยะเวลาครบ 12 เดือน แต่จะมีการเปลี่ยนแปลงอย่างต่อเนื่อง
การพัฒนางบประมาณอย่างต่อเนื่อง ในการจัดทำงบประมาณจะอยู่ในความรับผิดชอบของคณะกรรมการงบประมาณ ซึ่งประกอบด้วย ผู้อำนวยการ และผู้บริหารระดับสูง ผู้จัดการฝ่ายการผลิต ผู้จัดการฝ่ายขาย และผู้จัดการฝ่ายวางแผนและพัฒนาเป็นต้น โดยงบประมาณที่จัดทำขึ้นนั้นจะต้องได้รับอนุมัติจากผู้บริหาร
2.งบประมาณฐานศูนย์ (Zero-based budget) เป็นการจัดทำงบประมาณโดยไม่ได้คำนึงถึงข้อมูลของงบประมาณปีใดเป็นปีฐาน แต่จะเริ่มจัดทำงบประมาณใหม่ทั้งหมด โดยผู้จัดการจะประมาณการยอดขาย การผลิตและข้อมูลการดำเนินงานอื่น ๆ โดยพิจารณาถึงความต้องการใช้ทรัพยากรในกิจกรรมนั้นๆ เป็นงบประมาณโครงการใหม่ เป็นต้น
ข้อดีของงบประมาณฐานศูนย์ (Zero-based budget) คือ จะมีการวิเคราะห์และจัดสรรงบประมาณให้ตามความจำเป็น
ข้อเสีย ทำได้ยากและใช้เวลามาก สำหรับการนำไปใช้ จะใช้ในหน่วยงานที่เน้นในเรื่องของการลดต้นทุน (Cost reduction) หรือเน้นในเรื่องการประเมินประสิทธิภาพ
ตามปกติการจัดทำงบประมาณจะเริ่มจากการนำงบประมาณของปีที่ผ่านมา มาทำการปรับปรุงให้เป็นงบประมาณปีใหม่ งบประมาณที่ใช้แนวความคิดดังกล่าวมี 2 ประเภทคือ
1.งบประมาณคงที่ (Static budget) เป็นงบประมาณที่จัดทำขึ้นโดยแสดงถึงศูนย์ความรับผิดชอบ (Responsibility center) งบประมาณคงที่จงไม่สามรถนำไปปรับปรุงได้ จะมีข้อเสียคือ จำนวนค่าใช้จ่ายจริงแตกต่างจากงบประมาณที่จัดทำไว้
2.งบประมาณยืดหยุ่น (Flexible budget) หรืองบประมาณผันแปร (Variable budget) การจัดทำงบประมาณยืดหยุ่นมีการประมาณการวางแผนงบประมาณหลายระดับการดำเนินงาน จงเป็นประโยชน์ในการควบคุมต้นทุนค่าใช้จ่ายโรงงาน และค่าใช้จ่ายในการดำเนินงานที่เกิดขึ้น โดยเปรียบเทียบผลการปฏิบัติงานจริงกับงบประมาณที่วางแผนไว้